- Masalah kekurangan bilik darjah, ruang dan kelengkapan peralatan yang diperlukan adalah amat ketara dalam beberapa kes.
- Sesi pelaksanaan pengajaran mikro sebaik-baiknya memerlukan penggunaan alat-alat teknologi pendidikan seperti kamera, perakam video, televisyen dan lain-lain lagi.Peralatan ini bukan sahaja mahal dan rumit tetapi juga memerlukan perbelanjaan yang tinggi untuk penjagaan dan penyenggaraannya.
- Hal-hal pentadbiran seperti penyesuaian masa untuk mengadakan kelas.
- Masalah-masalah lain seperti personaliti dan sikap turut mempengaruhi pelaksanaan pengajaran mikro.